最近有许多小伙伴们思知说念奈何查找基因的5'UTR、3'UTR、内含子和外显子。尤其是在看了往期稿子:荧光素酶论说(luciferase reporter)在microRNA征询中的期骗
因为microRNA靶向的是基因的3'UTR,思作念这个实验的问题即是不知说念奈何找基因的3'UTR。
今天就带来保姆级的查找基因的5'UTR、3'UTR、内含子和外显子的过失教程,人人照着每步的箭头引导操作就行了。
(1)翻开NCBI,将搜索施行聘用为Gene,以东说念主源的IL-10基因为例,输出IL-10 human,点search。
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(2)搜索出来的第一条即是咱们需要的东说念主源的IL-10基因。点进去。
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(3)点进去之后是这么,然后往下拉。
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(4)找到右上角的tools。
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(5)找到tools内部的“sequence text view”,点进去就能看到基因的所有序列信息了。
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(6)搜索效用奈何看?
蓝色绚烂的是5'UTR或3'UTR。红色绚烂的是外显子,因为外显子要翻译成氨基酸,是以底下会给出对应的氨基酸序列。绿色绚烂的是内含子,内含子不翻译,是以底下莫得氨基酸序列。这里绚烂的心境是网站自动给出来的。如若页面上莫得裸表示来好意思满的5'UTR或3'UTR,不错点左上角的“Prev page”或“Next page”。
是以IL-10基因的3'UTR序列即是:
ACACATCAGGGGCTTGCTCTTGCAAAACCAAACCACAAGACAGACTTGCAAAAGAAGGC
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因为3'UTR在基因末尾,是以要把过程条往下拉,就能看到了。如下图蓝色绚烂部分。
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是以IL-10基因的5'UTR序列即是:
GACATCAGGGTGGCGACTCTATAGACTCTAGGACATAAATTAGAGGTCTCCAAAATCGGATCTGGGGCTCTGGGATAGCTGACCCAGCCCCTTGAGAAACCTTATTGTACCTCTCTTATAGAATATTTATTACCTCTGATACCTCAACCCCCATTTCTATTTATTTACTGAGCTTCTCTGTGAACGATTTAGAAAGAAGCCCAATATTATAATTTTTTTCAATATTTATTATTTTCACCTGTTTTTAAGCTGTTTCCATAGGGTGACACACTATGGTATTTGAGTGTTTTAAGATAAATTATAAGTTACATAAGGGAGGAAAAAAAATGTTCTTTGGGGAGCCAACAGAAGCTTCCATTCCAAGCCTGACCACGCTTTCTAGCTGTTGAGCTGTTTTCCCTGACCTCCCTCTAATTTATCTTGTCTCTGGGCTTGGGGCTTCCTAACTGCTACAAATACTCTTAGGAAGAGAAACCAGGGAGCCCCTTTGATGATTAATTCACCTTCCAGTGTCTCGGAGGGATTCCCCTAACCTCATTCCCCAACCACTTCATTCTTGAAAGCTGTGGCCAGCTTGTTATTTATAACAACCTAAATTTGGTTCTAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCCTAACCAGCCTGGTCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCGCGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGATGGAAGTTGCAGTGAGCTGATATCATGCCCCTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAATAAAAATAAAAATAAATTTGGTTCTAATAGAACTCAGTTTTAACTAGAATTTATTCAATTCCTCTGGGAATGTTACATTGTTTGTCTGTCTTCATAGCAGATTTTAATTTTGAATAAATAA ATGTATCTTATTCACATCA
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